Интересно, артефакты дают бонус только в атаке, или работают еще и на капитанах в защите, например, в подкреплении ?  

И если снаряжение капитанов оказывает влияние на защиту города, то какой из капитанов будет защищать город ? Тот, кто первый по списку, как и при атаке ?

Капитаны не участвуют в защите города, соответственно их амуниция не работает в данном случае.